早在前2世纪后半期,在印尼出现了最早的奴隶制国家叶调。公元三至七世纪,出现了古泰、达鲁马、耶婆提、干陀利、马打兰王国、夏连特拉王国等分散的小王国。 七至十一世纪,大国室利佛逝(宋代以后称“三佛齐”)崛起,同中国极为友好,使者商旅不绝于途。7世纪到14世纪之间,佛教是现另一方面,
13世纪末14世纪初,在爪哇建立了印尼历史上最强大的满者伯夷。 随后,阿拉伯人带来了伊斯兰教,逐渐成为今日印度尼西亚的主要宗教。当时,印尼境内分布着很多小王国和部落。雲南大學國際關係學院院長肖憲博士認為,鄭和下西洋極大地推動了伊斯蘭教在東南亞海島地區的發展和傳播。 鄭和下西洋途中進行的一些活動,例如,鄭和第一次航行時在蘇門答臘南部的舊港(巨港)建立了華人穆斯林社區,鄭和在爪哇鼓勵當地華人穆斯林與當地人通婚等,都促進了伊斯蘭教在當地的傳播併為其在東南亞地區更大範圍的傳播打下了基礎。此外,鄭和在馬六甲的外交活動,還促成了馬六甲第一位君主拜裏迷蘇剌在1411年親率使團訪問中國之後改信伊斯蘭教。而強大的馬六甲穆斯林王國興起後,加速了伊斯蘭教在整個東南亞的傳播。
到了16世纪,欧洲人抵达现印尼,发现了这些小国。一些欧洲强国开始建立殖民地,荷兰变成了这些欧洲国家里面占领最多领土的国家。荷兰最初通过荷兰东印度公司对这些地区实行殖民统治。1799年东印度公司解散后殖民地被荷兰政府接管,史称荷属东印度。 第一次世界大戰完結之後,當地人開始爭取自治。到了第二次世界大戰,當荷蘭本土被德國完全佔領後,東印度公司宣佈終止與當時最大貿易伙伴日本的貿易,觸發日本對印尼的侵略行動。這可以說是印尼得以獨立的遠因。日本投降的消息傳到印尼之後,蘇加諾立即在之後一日發表印尼獨立宣言。之後在短短五日間,印尼全國都宣告脫離荷蘭東印度公司的管治,在 1945年8月31日,荷蘭東印度公司在印尼基本上已沒有控制國家的能力了。然後,由於得到澳洲的同情,在1945年到1949年這段期間內不斷接濟印尼,最終使東印度公司在1949年宣佈放棄對印尼的管治權,使印尼得以正式獨立,苏加诺被任为印尼第一任总统。 1965年9月30日印尼发生了“九·三○”事件,全国掀起大规模反华浪潮。1967年2月,苏加诺被解除总统头衔,苏哈托出任代理总统,反华浪潮更加凶猛。1969年,苏卡诺垮台,军队司令苏哈托任总统一职。在其近三十年的独裁统治中,苏哈托家族积累了大量财富,直到1998年大规模的政治示威迫使苏哈托放弃政权。1998年发生大规模骚乱排华运动,大量华侨、华人被残忍的杀害。雅加达人权与妇女研究组织经整理后的报告显示,5月发生的骚乱中,印尼各地总共发生5000多起暴徒强奸或轮奸华裔妇女的惨案,其中以雅加达每天发生的100多起最为严重。
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