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巴士海峽（英語：Bashi Channel）是銜接菲律賓海與南海並位處臺灣島與巴丹群島（Batanes Islands）之間的海峽。為連通太平洋與南海的重要國際水道，也是西太平洋一個具有重要戰略意義的海域，船隻航行非常繁忙。海峽平均約185公里寬，水深一般在2,000至5,000公尺之間，最深處達5,126公尺。海底地形起伏變化甚大，主要為華南大陸棚向東延伸，又有蘭嶼海脊、臺東海槽、花東海脊和馬尼拉海溝由東向西南北向平行分佈，海脊深度在2,400至2,600公尺之間，海床沈積物以粉沙質為主，另外受菲律賓海板塊和歐亞大陸板塊地質交互作用影響，巴士海峽還是一個地震多發區。巴士海峽是西北太平洋的大浪區之一，屬熱帶海洋性氣候。受大洋和大陸間季風的影響，海洋氣象特徵為高溫多雨，季風盛行，雷暴較多，颱風影響頻繁，也是西太平洋生成的颱風進入亞洲的路徑之一。
巴士海峽以北銜接臺灣的蘭嶼及臺灣南端恆春半島，以南銜接雅米島（Yami Island）及巴丹群島，巴丹群島以南為巴布煙群島（Babuyan Islands），再往南則為呂宋島，南方群島均隸屬菲律賓管轄。
巴丹群島和巴布煙群島之間為巴林塘海峽（Balintang Channel），巴布煙群島和呂宋島之間為巴布煙海峽（Babuyan Channel），此三海峽合稱為呂宋海峽（Luzon Strait），其中巴士海峽成為中華民國和菲律賓的天然國界。
自古以來，在還沒有國境概念的年代，臺灣的蘭嶼與菲律賓的巴丹島（Batan Island），皆是靠著小舟往來。根據民族學的研究，兩地的南島原住民有深厚的血緣關係。原住民語言及傳統歌曲亦有高度的相似性，現今雙方已逐漸恢復連絡。
目前由於臺灣與菲律賓對於本處的領海劃分尚未協商，因此常發生菲律賓軍隊扣押臺灣漁民的行動，引發兩國外交上的衝突。