核糖體RNA(ribosomal RNA, rRNA)是生物體中核糖核酸(RNA)的一類,為核糖體(ribosome)的主要部份,功能為提供一個環境能使tRNA對應到mRNA上的密碼子,而合成蛋白質。其中核糖體大亞基(large subunit, LSU)具有一或兩個rRNA分子(多數原核生物爲23S和5S,真核生物爲28S和5.8S),小亞基(small subunit, SSU)具有一个rRNA分子(多數原核生物爲16S,真核生物爲18S)。 在近年的系統發育樹中,核糖體RNA序列,尤其是小亞基RNA(SSU rRNA)成爲最常用的做樹依據,因爲SSU rRNA具有以下特點: 長度適中,通常1200~1900bp,能夠提供足夠的信息,但又不過長。 完全廣泛分佈于所有生物,而且具有相對緩慢的進化過程。其中保守區可用於構建所有生命的大一統進化樹,而易變的區域可用來區別屬或者種。 所有的rRNA都是功能上和序列上同源的,且一個生物細胞中的rRNA序列完全一致或極少差別(除葉綠體和線粒體等和極少數例外情況)。 rRNA基因的水平轉移非常難發生,因爲它們的功能太基本且重要,需要翻譯機制的精細調控才能夠正常實現功能。
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